本来这篇文章早就应该写的，不过由于前一段过年，没有时间搞这些学术性的东西，所以就耽搁到了现在。除此之外，项目的进度也是一个原因，趁现在有了些进度和经验，索性就在这里些出来，一来是总结一下，权当是个备份，另一方面就是对自己近阶段工作的一个总结。

这个项目的开始可以追溯到2008年的三月份了。那时正值研一第二学期开学，那个学期好像就有4门课，8学分，反正不是很忙，时间很充裕。因为寒假里在教育部教学仪器研究所实习，因此对于外面的实习生活有了更多的向往。所以开学之后待把研究所里的工作结束之后，就疯狂地在网上看实习生招聘，逛BBS，然后就是像撒网似的发简历。同时，我的导师也知道我这学期不忙，于是就给我介绍到了中国科学院计算技术研究所（以下简称计算所）他的一个同学手下。实际的情况是，我们是跟他同学手下的一个博士生作项目。鉴于当时实习还没着落，又不想让自己太闲着，比如大四下那样的混日子过，于是就接受了计算所这边的项目。因为这个项目的周期恰可以持续到我09年底毕业，所以从那时算起还有很长时间，并且计算所里面也暂时没有工位，所以我就把东西拿到学校做，其实开始就是看论文，全英文~~。

就这样，在学校看看论文，然后每周去计算所汇报一次。在这期间实习生那边也断断续续有了回复，面了几个公司，有大公司也有小公司，当然也被无情的笔试过:(。后来选择了Agilent(安捷伦)，其实之前也根本不知道这个公司，后来听朋友说是个大外企，而且工作也算还有意思，就从了，6月中旬左右吧。以后的生活就是一边在学校开论文，做实验，然后每周去计算所开一次会，一边去安捷伦实习，日子也算是充实。就这样的日子持续了有半年左右，期间有过欢乐，也有过彷徨，有时间再写写实习这段吧。转眼就到了年底，中间经历的奥运会，计算所那边放了一个多月的假，所以那段日子基本就是每天实习了。

元旦之前，计算所里的导师，就是带我们的博士，给我们开了一次总结会议。大体意思是对我们这半年来的进度不太满意，如果我们想在计算所好好作项目，好好写论文，在学校能顺利毕业的话，就应该抓紧时间做实验，写论文了。当然他这是以对计算所学生的要求来要求我们，看得出来对我们也是很负责任的。说实话，从和计算所合作到年底的这段日子里，也就是看看了论文，并且用MATLAB仿真了一些算法，离他对我们的要求——在现有的EMAN软件的基础上，结合现有文献，实现算法，并且能够进行一定的改进和优化——有些距离。我想造成这种情况重要有两方面的原因，一是自己确实有些懒，不愿动手作实验，应该算是态度问题吧。二是实习占据了许多时间，不能全身心的投入到研究中去。然而，论文是一定要写的，因为他关系到我的毕业，所以我就向老师表态说以后一定要重视起来。

春节回家之前，我又把以前的进度进行了总结，并指定了短期内的计划。春节返校后知道现在，我都是有时间就做做项目，逐渐地也开始入门了，而有了点成就之后，前进的动力就大了。

这基本就是关于该项目的一些题外话，接下来就总结一下这半年多来的成果。

这个项目的名字叫做“冷冻电镜二维图像处理方法与三维重构研究”,我的工作就是二维图像处理方面，主要是对蛋白质颗粒图像进行识别挑选，为后续的三维重构提供清晰，正确的输入图像。

针对这个项目，国外有现成的实现软件：EMAN（http://blake.bcm.tmc.edu/eman/eman1/bugs.html），当时其中的识别算法效果不够好，且不能满足该项目的需求，所以需要有针对性地进行开发和改进。关于蛋白质颗粒图像识别发表了许多论文（http://www.sciencedirect.com/science/journal/10478477中的Volume 145,Issues 1-2 ），当然其他模式识别领域的算法，也可以应用到该软件当中，这就需要一定的创新能力了。

接下来说说具体的进展：

1.安装EMAN。从这里（http://ncmi.bcm.tmc.edu/ncmi/software/eman/software_92）下载源代码，我下载的是1.8，截至现在，已经发布了1.9版（2009/02/11）。安装步骤在安装包里都有说明，或者在下载页面看看安装指南。

2.安装EMAN需要的第三方库。
Required Libraries
1）fftw version 2.1.x (not use 3.x)
2）gxl version >= 1.3
3）libtiff
4）Qt version >=3.0 (最好使用3.x版本，因为Qt4相对Qt3有很大的改动，有许多函数已经不用了，
比如bitblt,而由于EMAN1.8是基于3.x的Qt开发的，所以最好使用3.x版本的Qt)

Optional Libraries
1）Python version 2.2+
Boost Python (version 2+)
2）Open Inventor
3）HDF5 support(not use hdf5-1.6.4)

Recommendations
If compiling for Athlons, suggest using FFTWGEL which can give a ~20% speed boost.

其中编译Qt3大概花了个多小时，编译Qt4大概花了6～7小时，编译生成EMAN大概花了5个小时。
机器配置为
CPU：AMD Althlon 2800+ 1.8G
Memory：1G
Hard disk：250G

编译之后就可以开发了，这部分以后有时间再写。